　最初の"a"が大文字にならないようにページを作成するにはどうしたらいいんだろう？

root権限のあつかいがややこしい

とりあえずgnome-softwareなどはsudo -sでルートになってからインストール。
flatpakはユーザーでもインストールできるようにリポジトリを追加しないとgnome-softwareにユーザーレベルでflathubが表示されない。下記参照。
- Flatpak